市审计局设下列内设机构:
    (一)办公室(市委审计委员会办公室秘书股)。负责机关日常运转和综合协调，承担文电、会务、机要保密、档案、安全、新闻宣传、政务信息、政务公开、电子政务、信访、财务、资产管理、后勤保障等工作。负责人大代表建议和政协委员提案办理工作。对审计成果进行整理研究和综合利用。负责内部审计业务工作,负责处理市委审计委员会办公室日常事务，统筹协调其他股室承担相关工作。
    (二)人事股。负责机关和直属单位的干部人事、机构编制、党群、意识形态、文明创建、人才队伍建设和教育培训工作。负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。。
    (三)法规审理股。承担审计方面规范性文件的起草工作。承担机关有关规范性文件的合法性审查工作。承担机关行政复议、行政应诉等工作。审理有关审计业务事项，监督检查局机关各业务科室及下级单位的审计业务质量。负责对重大违纪违法问题线索的移送协调。组织实施审计系统普法依法治理工作。承担局机关信息化建设和电子数据审计工作。
    (四)财政金融审计股。组织审计国家有关重大政策措施贯彻落实情况。组织审计市本级预算执行、决算草案和其他财政收支、镇(街道)预算执行、决算草案和其他财政收支、市财政转移支付资金。组织审计市属国有金融机构和国有资本占控股或主导地位金融机构的境内外资产、负债和损益，组织审计金融管理部门预算执行、决算草案和其他财政财务收支。
    (五)行政事业审计股。组织审计市本级行政事业单位及以下直属单位的财政财务收支。开展专项审计和审计调查。
    (六)农业农村审计股。组织审计农业农村、林业水利、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。组织审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位的企业的境内外资产、负债和损益。组织审计市驻外非经营性机构的财务收支。
    (七)社会保障审计股。组织审计市政府相关部门管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。组织审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支。提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告。开展专项审计和审计调查。指导全市外资运用审计工作。